ปัจจุบันความก้าวหน้าทางเทคโนโลยีในด้านจุลชีววิทยามีมากขึ้นสามารถใช้จุลินทรีย์ในกระบวนการหมักเพื่อทำผลิตภัณฑ์ใหม่ ๆ ได้หลายชนิด มีการใช้จุลินทรีย์บริสุทธิ์และสายพันธุ์ที่มีประสิทธิภาพสูงง่ายแก่การควบคุมในการผลิตอาหารที่มีอยู่เดิมให้มีปริมาณมากขึ้น
ผลิตภัณฑ์ทั้ง ๒ ชนิดนี้มักจะผลิตพร้อมกันเนื่องจากใช้วัตถุดิบอย่างเดียวกัน เต้าเจี้ยวจะเป็นส่วนที่เหลือจากการกรองน้ำซีอิ้วแต่เต้าเจี้ยวชั้นดีจะผลิตแยกกับซีอิ้วซึ่งเดิมผลิตในครัวเรือน ในปัจจุบันผลิตเป็นอุตสาหกรรมขนาดเล็กและขนาดใหญ่กรรมวิธีการผลิตเต้าเจี้ยวใช้ถั่วเหลืองเป็นหลักและมีแป้งเชื้อรา (แอสเพอร์จิลลัส โอไรเซ และแอสเพอร์จิลลัส โซเย) น้ำเกลือและเครื่องปรุงรสต่าง ๆ เป็นส่วนประกอบผสมให้เข้ากัน บรรจุโอ่งปิดฝาแล้วตากแดดปล่อยให้เกิดปฏิกิริยาการหมักเป็นเวลาประมาณ ๓-๖ เดือน เมื่อครบกำหนดเวลาแล้วถ้าทำซีอิ้วร่วมกับเต้าเจี้ยวระยะนี้ก็จะดูดส่วนที่เป็นของเหลวสีน้ำตาลปนแดงออกมานำไปผ่านการฆ่าเชื้อที่อุณหภูมิ ๖๕-๘๘ องศาซ. จากนั้นจึงนำไปกรองเพื่อกำจัดตะกอนที่มีถั่วอยู่ออกไปก่อนบรรจุขวด หลังจากนั้นนำเนื้อถั่วเหลืองที่เหลือมาปรุงแต่งรสชาติโดยเติมผงชูรส น้ำตาล และเครื่องปรุงรสอื่น ๆ เพื่อเป็นเต้าเจี้ยวบรรจุขวดขายต่อไป หากผลิตเต้าเจี้ยวโดยวิธีไม่ผ่านการเอาน้ำซีอิ้วออกไปจำหน่ายจะได้เต้าเจี้ยวที่มีราคาค่อนข้างสูงมาก มาตรฐานของเต้าเจี้ยวที่สำนักงานมาตรฐานผลิตภัณฑ์อุตสาหกรรมกระทรวงอุตสาหกรรมกำหนดไว้มี ๒ ชนิด คือ เต้าเจี้ยวเม็ดและเต้าเจี้ยวบด
เต้าหู้ยี้เป็นผลิตภัณฑ์หมักดองอีกชนิดหนึ่งที่ทำจากถั่วเหลืองและนิยมบริโภคกันทั่วไป ขั้นตอนของการผลิตเริ่มจากนำถั่วเหลืองคุณภาพดีมาทำเป็นเต้าหู้แข็งก่อนแล้วตัดเต้าหู้ให้เป็นก้อนขนาดตามต้องการ นำไปแช่ในน้ำเกลือผสมกรดมะนาว ๑ คืน รุ่งขึ้นนำไปฆ่าเชื้อโดยอบในตู้อบที่ ๑๐๐ องศาซ. นานประมาณ ๑๐-๑๕ นาที ทิ้งไว้ให้เย็นที่อุณหภูมิห้องแล้วเรียงในถาดและใส่เชื้อราที่มีชื่อว่า แอคติโน-มิวคอร์ อิลิแกน บ่มให้เชื้อราเจริญเติบโตประมาณ ๓-๗ วัน ชิ้นเต้าหู้จะมีเส้นใยของเชื้อราขึ้นโดยรอบ ต่อไปนำไปหมักในน้ำเกลือโดยเรียงเต้าหู้ในถังหมักเป็นชั้น ๆ ใส่น้ำเกลือ ไวน์แดง และเครื่องเทศอื่น ๆ เช่น พริกแดง ขิง ผงพะโล้ เต้าเจี้ยวบดหรือเติมข้าวแดงเพื่อทำให้เป็นเต้าหู้ยี้ชนิดสีแดงปิดฝาหมักไว้เป็นระยะเวลาเดือนครึ่งที่อุณหภูมิห้องเมื่อครบกำหนดเวลาจะได้เต้าหู้ยี้ตามต้องการ
วัตถุดิบที่ใช้สำหรับผลิตน้ำส้มสายชูส่วนใหญ่ ได้แก่ ข้าวเหนียว น้ำตาล กากน้ำตาล แอลกอฮอล์กลั่นเจือจางหรือผลไม้ เช่น สับปะรด กล้วยสุก เสาวรส และจากน้ำมะพร้าว น้ำส้มสายชูตามมาตรฐานที่กำหนดโดยสำนักงานมาตรฐานผลิตภัณฑ์อุตสาหกรรมแบ่งเป็น ๓ ประเภท คือ
๑. น้ำส้มสายชูหมัก
หมายถึง น้ำส้มสายชูที่ได้จากการนำวัตถุดิบมาหมักกับส่าเหล้าแล้วนำมาหมักกับเชื้อน้ำส้มสายชูตามกรรมวิธีการผลิต เช่น น้ำส้มสายชูหมักจากสับปะรด
๒. น้ำส้มสายชูกลั่น
หมายถึง น้ำส้มสายชูที่ได้จากการหมักแอลกอฮอล์เจือจางกับเชื้อน้ำส้มสายชูตามกรรมวิธีการผลิตและนำไปกลั่นหรือกรอง
๓. น้ำส้มสายชูเทียม
หมายถึง ผลิตภัณฑ์ที่ได้จากการนำกรดอะซิติกมาเจือจางด้วยน้ำ
นมเปรี้ยวเป็นผลิตภัณฑ์นมที่เกิดจากการเติมจุลินทรีย์ลงไปเพื่อเปลี่ยนน้ำตาลแล็กโทสในน้ำนมให้เป็นกรดแล็กทิกมีรสเปรี้ยวและสามารถเก็บไว้ได้นานขึ้น ผลิตภัณฑ์นี้มีชื่อภาษาอังกฤษว่า โยเกิร์ต (Yoghurt) และมีอีกชื่อหนึ่งที่ใช้เรียกผลิตภัณฑ์นมที่เติมจุลินทรีย์ว่า นมเติมจุลินทรีย์ ซึ่งประเทศต่าง ๆ ในยุโรปมีผลิตภัณฑ์ประเภทนี้หลายชนิด ลักษณะของนมเปรี้ยว รสชาติและกลิ่นจะแตกต่างกันไปตามความชอบของคนในท้องถิ่น บางแห่งชอบให้มีลักษณะครึ่งเหลวครึ่งแข็ง แต่บางแห่งชอบให้มีลักษณะแข็ง บางแห่งก็ชอบให้มีลักษณะเหลวจนดื่มได้ นมเปรี้ยวที่นิยมดื่มกันทั่วไปมี ๒ ชนิด คือ
๑. แบบอยู่ตัว
หมายถึง แบบที่บรรจุทันทีหลังการเติมจุลินทรีย์ลงในน้ำแล้วให้จุลินทรีย์ทำปฏิกิริยาในขณะที่อยู่ในภาชนะที่บรรจุพอได้ที่แล้วทำให้เย็นพร้อมที่จะจัดจำหน่าย
๒. แบบบรรจุทีหลัง
หมายถึง แบบที่จุลินทรีย์ทำปฏิกิริยากับน้ำนมในถังหมักจนได้ที่แล้วจึงทำการบรรจุภาชนะแล้วจำหน่าย
ผลิตภัณฑ์หมักดองอีกประเภทหนึ่งจัดเป็นพวกที่มีแอลกอฮอล์ ได้แก่ สุรา ไวน์ บรั่นดี เบียร์ ฯลฯ วัตถุดิบที่ใช้ในการผลิต ได้แก่ พวกธัญพืชและผลไม้ ตัวอย่างของเครื่องดื่มที่ใช้ธัญพืชเป็นวัตถุดิบ ได้แก่ เบียร์ ซึ่งทำจากมอลต์ของข้าวบาเลย์ ส่วนเครื่องดื่มที่ใช้ผลไม้เป็นวัตถุดิบที่รู้จักกันดี คือ ไวน์ ซึ่งผลิตโดยหมักน้ำองุ่นคั้นกับยีสต์มีการควบคุมกระบวนการหมักอย่างเหมาะสม ไวน์ที่ได้จากการหมักผลไม้ชนิดอื่น ๆ เรียกว่า ไวน์ผลไม้